Os eventos em Clannad: After Story ocorrem imediatamente após a primeira temporada, seguindo o último semestre de Tomoya do ensino médio. Depois de declarar seu amor a Nagisa, eles começam a ter uma relação estreita. Sua vida de casal será confrontada por desafios inesperados, como a verdade por trás do mundo ilusionário e a lendas da cidade que vieram à luz.
